Towards an integrative and comprehensive standard for meta-omics data of collection objects (MOD-CO)

DFG RA 731/16-1

Von 05/2014 bis 12/2017

Projektleiter: Gerhard Rambold
Mitarbeiter: Janno Harjes

Für die Archivierung von Sequenz- und Arraydaten existieren zahlreiche Standards. Jedoch fehlte bislang ein umfassendes Schema zur Verknüpfung von Meta-Omics-Daten mit Referenzproben aus naturkundlichen Sammlungen und Lebendkulturen. Das Projekt MOD-CO (Meta-Omics Data and Collection Objects), entwickelt von Gerhard Rambold und Mitautor:innen, schließt diese Lücke durch ein konzeptionelles Datenmodell, das eine standardisierte Zuordnung von Meta-Omics-Daten zu Sammlungsexemplaren ermöglicht. Das MOD-CO-Schema vereint kontrollierte Vokabulare und strukturierte Deskriptoren, die den gesamten Ablauf der Beobachtung, Messung und Probenverarbeitung im Rahmen meta-omischer Untersuchungen abbilden. Es verbessert die Rückverfolgbarkeit, Interoperabilität und Reproduzierbarkeit in der biodiversitätsbezogenen Forschung. Die praktische Umsetzung erfolgte in der Diversity Workbench sowie im SILVA/megx.net-System, in enger Zusammenarbeit mit den Standardisierungsgremien von TDWG und GSC. Ergänzt wird diese Arbeit durch ein generisches Workflow-Konzept zur standardisierten Erfassung von Umweltproben inklusive UUID-Vergabe und Bilddokumentation, das 2018 von Triebel, Rambold und Kolleg:innen veröffentlicht wurde. Eine weitere Publikation von Harjes, Rambold und Mitautor:innen betont zudem die Bedeutung methodischer Informationen und Workflows als Bestandteil FAIRer digitaler Objekte, um Wiederholbarkeit und Nachvollziehbarkeit wissenschaftlicher Studien zu gewährleisten. Diese Beiträge bilden zusammen einen wesentlichen Schritt zur strukturierten, standardisierten und nachnutzbaren Erfassung von Meta-Omics-Daten in der Biodiversitäts- und Umweltforschung.

Homepage: http://www.mod-co.net

Publikationsliste dieses Projekts

Rambold, G; Yilmaz, P; Harjes, J; Klaster, S; Sanz, V; Link, A; Glöckner, FO; Triebel, D: Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): a conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research, Database, 2019, 1–13 (2019), doi:10.1093/database/baz002

Harjes, J; Triebel, D; Link, A; Weibulat, T; Glöckner, F O; Rambold, G: FAIR data in meta-omics research: Using the MOD-CO schema to describe structural and operational elements of workflows from field to publication, Biodiversity Information Science and Standards, 3, e3759 (2019), doi:10.3897/biss.3.3759 [Link]

Rambold, G; Yilmaz, P; Harjes, J; Link, A; Glöckner, FO; Triebel, D: MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0), (2018) [Link]

Yilmaz, P; Klaster, S; Link, A; Weibulat, T; Glöckner, FO; Triebel, D; Rambold, G: Towards an integrative and comprehensive standard for meta-omics data of collection objects (MOD-CO). – In Anonymous (ed.) 17th Annual Meeting of the Gesellschaft für Biologische Systematik. 21.–24. February 2016, Zitteliana, 88, 55 (2016)