BayEOS
BayCEER Umweltdatenerfassungssystem
BayEOS R-Package
Das Paket ermöglicht R-Benutzern einen einfachen Zugriff auf BayEOS Datenbanken:
library(bayeos)
bayeos.connect('http://bayeos.bayceer.uni-bayreuth.de/BayEOS-Server/XMLServlet','gast','gast')
data=bayeos.getSeries(c(2717,2718))
plot(data)
bayeos.close()
Installation
Die Installation unterscheidet sich nicht von der anderer R Pakete. Wir bieten ihnen über ein Repository die Möglichkeit bayeos zur ihrer lokalen Bibliothek hinzuzufügen. Aufgrund der Abhängigkeiten beachten Sie bitte die folgende Installationsreihenfolge:
# Repository für die abhängigen Pakete konfigurieren
setRepositories()
# Stellen Sie sicher, dass die Repositories CRAN, CRAN (extras) und Omeghat ausgewählt sind.
# Installation der abhängigen Pakete
install.packages(c('zoo','XML','RCurl','RUnit'))
# Das Paket ist reiner R-Code und sollte auf allen Platzformen über das Quellen Paket installieren lassen:
install.packages("bayeos", repos = "http://www.bayceer.uni-bayreuth.de/R-repository", type="source")
# Nur für R<4.0 und Windows bieten wir noch ein Binärpaket an:
install.packages("bayeos", repos = "http://www.bayceer.uni-bayreuth.de/R-repository")
Für ein automatisches Update des Pakets über den Befehl update.packages(), muss das BayCEER Repository in die Liste der Repositories aufgenommen werden. Dies kann man z. B. durch folgenden Eintrag in der Datei .Rprofile erzielen:
# BayCEER Repository
local({r <- getOption("repos"); r["BayCEER"] <- "http://www.bayceer.uni-bayreuth.de/R-repository"; options(repos=r)})
Datenbankverbindung ohne Passwort
Es ist nicht zu empfehlen, die Login-Daten immer im Klartext in ein Skript zu schreiben. Daher empfehlen wir, einmalig durch das R-Paket eine verschlüsselte Passwort-Datei anlegen zu lassen. Das geht mit den folgenden Befehlen:
library(bayeos)
bayeos.connect('https://bayeos.bayceer.uni-bayreuth.de/BayEOS-Server/XMLServlet', 'btxxxxx','MEIN_PASSWORT',save_as='my_connection')
Danach kann man sich im Skript mit
library(bayeos)
bayeos.connect('my_connection')
mit der Datenbank verbinden. Grundsätzlich lassen sich auf diese Weise auch weitere Verbindungen verwalten.
Noch ein Sicherheitshinweis: Die Verschlüsselung der Passwortdatei ist nur schwach. Eine Entschlüsselung ist möglich. Sie sollten somit sicherstellen, dass die Datei nicht in falsche Hände gelangt.
Einstieg
Als schneller Einstieg in die Funktionsweise des Pakets empfehlen wir ihnen einen Blick auf unsere Demos. Sie können die Demos über die beiden folgenden Kommandos starten:
library(bayeos)
demo(getSeries)
Weitere Informationen
Installation bayeosSpreadsheet
Aufgrund von Problemen mit der Installation des abhängigen Paktets Rcompression, wurden mit der Version 1.2.4 die Funktionen bayeos.readODS und bayeos.readXLSX in ein eigenes Paket "bayeosSpreadsheet" ausgelagert:
# Installation der abhängigen Pakete
install.packages(c('Rcompression'), repos = 'http://www.omegahat.org/R')
install.packages('RExcelXML',repos='http://www.omegahat.org/R',type='source')
# Installation bayeosSpreadsheet
install.packages("bayeosSpreadsheet", repos = "http://www.bayceer.uni-bayreuth.de/R-repository")
Sollte die Binärinstallation auf ihrer Plattform fehlschlagen, kann über das Quellen Paket die Installation durchgeführt werden:
install.packages("bayeosSpreadsheet", repos = "http://www.bayceer.uni-bayreuth.de/R-repository", type="source")